Ռոբերտ Քոչարյանի վարչակարգը նախընտրեց Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանին որպես Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի իշխանական թեկնածու։ Չնայած իշխանության հովանավորյալը լինելուն, սակայն, Գարեգին Ներսիսյանը դառը քննադատության ենթարկվեց մամուլում։

«Լաւ մը խայտառակեցին և խնդրեցին, որ ընտրութիւնները հետաձգուին շաբաթով մը, ամիսով մը, որովհետև այնպիսի մթնոլորտ մըն էր, որ կարելի չէր այդտեղ ընտրութիւն ընել», - ասաց անանուն պատգամավորը։

Այս պատգամավորը ևս մի աղբյուր է, ով հաստատել է, որ Լուիզ Մանուկյան-Սիմոնը 20 միլիոն դոլար է հատկացրել` ապահովելու Գարեգին Բ-ի ընտրությունը` թե՛ աշխարհիկ, թե՛ հոգևորական պատգամավորներին կաշառելու միջոցով։ Այն ժամանակ ՀՀ վարչապետ Վազգեն Սարգսյանը, ով տնօրինում էր այդ գումարները, ըստ որոշ աղբյուրների, բռնություն է կիրառել պատգամավորների նկատմամբ Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանին գահին հասցնելու իր նպատակը հետապնդելիս։

Ինչ վերաբերում է ընտրակեղծիքին, այս պատգամավորն այն այսպես ներկայացրեց. «Ձայները ոչ թէ կեղծուած էին, ճնշումի տակ էին բոլորը։ Ամէն մարդ գիտէ ադիկա։ Մենք հոն էինք: KGB-էն կային, KGB-էն, որովհետեւ իրենք ճնշում էին։ Օրական կ’երթային Էջմիածին» ։

Կաթողիկոսական ընտրության օրը` 1999 թ. հոկտեմբերի 27-ին, ի հեճուկս Հայ Առաքելական եկեղեցու կանոնի, ըստ որի աշխարհիկ և հոգևոր պատգամավորներից բացի ոչ ոք չպիտի գտնվի քվեարկության տարածքում, այնտեղ կային Ազգային անվտանգության ծառայության բազմաթիվ աշխատակիցներ և իշխանության ներկայացուցիչներ։ Նրանց մեջ էր Արամ Սարգսյանը` Վազգեն Սարգսյանի եղբայրը, ում այնտեղ տեսել են հեռախոս գործածելիս, որով խախտվում է ընտրության ընթացքում արտաքին աշխարհի հետ կապն արգելող կանոնը։

Դատելով քվեարկման ընթացքում իշխանության ներկայացուցիչների ու գործակալների անսպասելի ու արտասովոր պահվածքից` անանուն պատգամավորն ավելի ուշ եզրակացրել է, որ Արամ Սարգսյանին և իշխանության այլ ներկայացուցիչներին տեղեկացրել են Ազգային ժողովի վրա կատարված հարձակման մասին, որը խլեց ութ պատգամավորների ու բարձրաստիճան պետական պաշտոնյաների կյանքը։

ԱԺ վրա կատարված հարձակման սարսափելի բոթը հայտարարվեց միայն այն բանից հետո, երբ Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանի հաղթանակն ապահովված էր, և նա հռչակվեց Ամենայն Հայոց նոր կաթողիկոս։ Եթե Վազգեն Սարգսյանի մահվան գույժը ազդարարեին քվեարկության ընթացքում, Ամենայն Հայոց կաթողիկոսն այսօր կարող էր լինել մեկ ուրիշը։

Պատգամավորներից շատերին անձամբ Վազգեն Սարգսյանն էր վախեցրել, սպառնացել և կամ կաշառել, որ Գարեգին Ներսիսյանի օգտին քվեարկեին։ Մինչև անգամ օրվա վարչապետը հայհոյանքներով հոխորտացել էր շատ եպիսկոպոսների վրա, որ «եթե Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանին չընտրեք, ձեր բոլորի վարտիքները վրաներիցդ կիջեցնեմ» ։

Այս առիթով մի հատված մեջբերենք Մայր Աթոռի նախկին միաբան Խորեն վարդապետ Հովհաննիսյանի բաց նամակից՝ ուղղված վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանին, ով միակ հոգևորականն էր Հայ եկեղեցու ողջ պատմության մեջ, որ դժբախտությունն ունեցավ երկու անգամ կարգալույծ հռչակվել նույն կաթողիկոսի՝ Գարեգին Բ-ի կողմից.

«1999 թ. հոկտեմբերի 27-ին Գարեգին Բ-ն կաթողիկոս դարձավ, որովհետեւ այդ օրերին Հայաստանում ամեն բան վաճառվում էր` գնացքի գծերից մինչեւ Սուրբ Գրիգոր Լուսավորչի գահը:

1999 թ. հոկտեմբերի 27-ին Գարեգին Բ-ն կաթողիկոս դարձավ, որովհետեւ տեղի ունեցավ Հայաստան և Սփյուռք ամենազազրելի ու գարշելի գործարքը: Սփյուռքից եկած Հուդայի 30 արծաթը գրկախառնվեց ու ողջագուրվեց հայաստանյան նողկալի ընչաքաղցությանը:

1999 թ. հոկտեմբերի 27-ին ոչ միայն ծանրագույն հարված հասցվեց հայոց պետականությանը, այլ նաև դժնդակ ու ահասարսուռ դավադրություն տեղի ունեցավ մեր հայրերի Աստծո և մեր Սուրբ եկեղեցու դեմ, որի համար մենք պետք է ազգովի ապաշխարենք ու ի խորոց սրտի զղջանք:

Ազգովի աղոթենք և աղերսենք, որ Աստված ների մեր այս մեծագույն մեղքն ու խարանը, և նա, ով 30 արծաթով տիրացել է մեր հավատքի Հոր գահին, պետք է անմիջապես հեռանա: Մեր ժողովուրդն արժանի է սիրող հոր, մեր ժողովուրդն արժանի է Հայրապետի, ով վախենում է Աստծուց և ամաչում է մարդկանցից: Մեր ժողովուրդն արժանի է աղոթող Հայրապետի» ...